Nutzung des Gefängnisses nach 1945

1948 erscheint in einem Informationsblatt des Deutschen Demokratischen Frauenbundes ein Bericht über die Zustände im Frauengefängnis: Die Zahl der Inhaftierten steigt stark an, weil viele Menschen wegen typischer Nachkriegsdelikte verurteilt werden. Zu diesen zählen Feld- und Forstdiebstahl, Kohlendiebstahl, Schwarzhandel sowie der Diebstahl von Lebensmittelkarten. Die Barnimstraße 1947 ist so überbelegt, dass zwei Drittel der Gefangenen auf dem Fußboden schlafen müssen. Es gibt weder Wäsche noch Seife und es fehlt an ausreichend Besteck und Geschirr. Amnestien bringen nur kurzfristige Erleichterungen.

Mit der Aufteilung Berlins in verschiedene West-Ost-Sektoren und der anschließenden Spaltung der Stadt geht auch die Trennung des Berliner Strafvollzugs einher. Im Jahr 1949 darf das Gefängnispersonal aus dem Westteil der Stadt die Barnimstraße nicht mehr betreten; Gefängnisinsassinnen, die ihren Wohnsitz im Westteil Berlins haben, werden in das ehemalige Militärgefängnis Lehrter Straße verlegt. Da es in Ost-Berlin keine reguläre Männerhaftanstalten gibt, müssen in der Barnimstraße übergangsweise auch männliche Gefangene aufgenommen werden.
Ab 1949 werden Neuerungen im Strafvollzug in Ost-Berlin umgesetzt. Nun sollen angeblich "sozialpolitische und erzieherische Aufgaben" im Vordergrund stehen, z. B. werden Arbeitskommandos ohne Bewachung und eine Gefangenenselbstverwaltung eingeführt.
Im Januar 1951 wird der Strafvollzug der Volkspolizei unterstellt, und die  Reformversuche der vergangenen Jahre haben ein Ende. Von nun an sollen die repressiven Aspekte des Strafvollzugs verstärkt umgesetzt werden. Wegen "fehlendem politischen Bewusstsein" bei den Stelleninhabern werden alle leitenden Positionen neu besetzt.

Für die Zeit von 1949 bis zum Abriss des Gefängnisses 1974 gibt es kaum Angaben über die Delikte der Insassen. Von den 246 Strafgefangenen aus dem Jahr 1957 sitzen 16 Häftlinge wegen "Art.6/KD 38" ein. Diese Kürzel fassen zwei Straftatbestände zusammen. Der Artikel 6 der damaligen DDR-Verfassung besagt, dass jeder, der in Wort und Tat gegen den Staat handelt, strafrechtlich wegen angeblicher "Boykotthetze" belangt werden kann. KD 38 ist ursprünglich ein Paragraph der von den Alliierten erlassenen Kontrollratsdirektive zur Entnazifizierung. Über konkrete Vergehen gibt es keine schriftlichen Aussagen. Eine ehemalige Aufseherin erinnert sich jedoch auch an inhaftierte Zeuginnen Jehovas.

In einer Statistik für das Jahr 1963 sind bei insgesamt 127 Strafgefangenen ein Fall von Spionage und 44 Fälle von "Passvergehen" aufgeführt. 1966 befinden sich unter den 70 Strafgefangenen 15 wegen "Passvergehen" Inhaftierte. Dieses Vergehen ist mit dem späteren Straftatbestand "Republikflucht" vergleichbar.

In der zweiten Hälfte der 1960er Jahre kommen statt Strafgefangener vermehrt sogenannte schwere Fälle von Arbeitserziehungspflichtigen ins Frauengefängnis. Nach Aussagen von Zeitzeugen handelte es sich hierbei auch um Prostituierte.